Le collège doctoral MDPS est dirigé du côté allemand par le Pr. Harald Kosch du laboratoire verteilte Informationssysteme, en France par le Pr. Lionel Brunie de l'équipe DRIM et en Italie par le Pr. Ernesto Damiani du laboratoire SESAR. Ils sont assistés par les coordinateurs Dr. David Coquil (Universität Passau), Dr. Nadia Bennani (INSA Lyon), Dr. Stelvio Cimato et Dr. Gabriele Giannini (tous deux de l'Università degli Studi di Milano). 

Certains doctorants du collège MDPS sont en co-tutelle, c'est-à-dire qu'ils sont inscrits dans deux des établissements partenaires et bénéficient d'un double-encadrement. Ils alternent les séjours entre les deux pays, et reçoivent à la fin de thèse deux titres de docteur.

D'autres doctorants ont un statut "associé" au collège doctoral. Ceux-ci sont inscrits dans un seul établissement, mais effectuent un séjour long dans l'une des équipes partenaires.

Enfin, d'autres doctorants locaux de Passau, Lyon et Milan participent aux workshops bisannuels du collège doctoral MDPS.